1550年，平户的港口日本第一次迎来了葡萄牙船只。这一切都是由统治平户的松浦家当家人，隆信而引起的。

隆信与明朝的海商，王直（五峰）有很强的人脉关系，和中国大陆频繁进行贸易往来。由于贸易发展而使得经济发展，随着进口了铁炮等最新的武器，隆信进而控制了松浦半岛的北部。
另一方面，王直在明朝的海禁政策下，只能和日本各地进行秘密的贸易往来，被本国追查而在五岛定居。隆信在此时邀请王直去平户城下町。在王直的指引下，葡萄牙船只航行到了平户港。
隆信和葡萄牙进行了通商互惠，为平户发展成为「大航海时代的城下町」打下了基础。

平户的城下町，在世界各国各种各样人种和全日本的商人涌入后，很快变得非常热闹。1609年，自荷兰商馆开设以来，这里便被称作「西都」热闹非凡。
1613年，英国船只第一次登陆日本，就访问平户，并且设置了英国商馆在此处。

之后由于江户幕府的锁国政策，1641年把外交窗口指定为长崎的出岛一处。平户的荷兰商馆也移去了出岛，在平户的南蛮贸易迎来了尾声。这样的时期度过了大概100年左右，平户作为针对西方的门户口「Firando」，对外贸易的中心地持续发展至今。

葡萄牙船从平户初次进港的1550年，听到这个传闻的传教士弗朗西斯科・哲比爱露为了传教来到了平户。哲比爱露因是第一个到日本来传教的传教士而远近闻名，之前一年还去过鹿儿岛。

治理平户的松浦隆信期待可以带来更多的贸易发展，允许基督教传教，并允许2名家臣改信基督教。这些家臣们，在隆信领地的平户岛西海岸地区和生月岛上举行了居民一起该宗教信仰信基督的仪式，平户成为基督教在日本最早的繁荣之地。当时广泛流传的基督教，所信仰者都被成为「基督教徒」。

以平户开始基督教在日本各地传播开来，1500年代尾声的时候开始发生了禁教运动。在平户对基督教宽容的松浦隆信死后，全国1599年开始进行镇压行动。
至此平户的教堂和十字架被破坏，强迫人们改信佛教和神道教。进入江户时代后闭关锁国，更加加剧对基督徒的迫害和镇压，其中悄悄的继续信仰基督教的人也有。他们就是后来被称道的「潜伏基督教徒」。

1853年日本的锁国政策结束，潜伏基督教徒们的可以光明正大的存在了。1873年在当时日本政府的政策下，基督教终于被解禁。平户也正大光明的盖了很多教堂。

但是，即便是被解禁了，在禁教时期也秘密坚守信仰的方式被流传下来。他们和他们的信仰被称为「隐藏的基督徒」。隐藏的基督徒们没有教会，在禁教时代基督教是选择了和佛教，神道教并行信仰的方式并继承了下来。
现在的平户，至今还有作为隐藏基督教徒而生活的人。

郑成功是中国大陆在明朝衰败，清朝崛起时期，大变革的乱世中活跃的人物。其父是以平户为根据地活动的中国海商首领，明王朝遗臣-郑芝龙，其母是住在平户的长崎商人的女儿-田川松。1624年他出生于平户。

只有7岁的时候郑成功到达了福建省南安，15岁就进入南京大学学习，21岁时就被隆武帝赐予国姓「朱」姓，被人们尊称为「国姓爷」

明王朝灭亡之后他打算「反清复明」，以台湾为据点，赶走了当时占据台湾的荷兰人。在台湾设立政府制定法律，打算收复国土。由于1662年重病，39岁便英年早逝。

在平户有再现郑成功到7岁为止，成长生活的老家的纪念馆等，还可以走访把郑成功的光荣伟业流传后世的设施。